Po wybuchu wojny Jakub wraz ze swoim bratem opuścili Radom i wyjechali do Lublina, w którym mieszkała ich ciotka. Zaraz po przybyciu do ciotki Jakub został aresztowany i osadzony w tymczasowym obozie dla Żydów pod Lublinem. Wtedy miał okazję zaobserwować pierwsze brutalne zachowania Niemców wobec Żydów. Miał jednak szczęście, gdyż znająć dobrze język niemiecki umiał porozumieć się z niemieckim oficerem, któremu pokazał swoje dokumenty, zaświadczające o zdobytym zawodzie. Niemiec zgodził się jego i jego brata wypuścić do pracy na zewnątrz obozu.

Urodzony 6 października 1917 roku w Radomiu. Jego rodzina zachowywała tradycję żydowską, ale nie była bardzo religijna. Jakub Koper miał młodszego brata, z którym był bardzo związany. Ukończył gimnazjum w Radomiu, a następnie szkołę zawodową, w której językiem wykładowym był niemiecki. Po krótkim pobycie w obozie tymczasowym pod Lublinem dotarł do Chełma i upuścił Polskę na łódce, którą przepłynął przez rzekę Bug. W sierpniu 1940 roku został aresztowany przez NKWD i osadzony w więzieniu w Brześciu. Tam został skazany na 3 lata kolonii karnej i wywieziony do Kotlasu w Północnej Rosji. Tam pracował jako drwal. W tym czasie jego rodzice zostali wywiezieni do Treblinki i tam zginęli, o czym syn dowiedział się dopiero po wojnie. Po II wojnie światowej Jakub powrócił do Polski i wyjechał do Krakowa szukać brata, z którym został rozdzielony w więzieniu w Brześciu. Po drodze do Krakowa z pociągu widział Polaków, którzy polowali na Żydów podczas Pogromu Kieleckiego.